Формирование системы экологических фондов, создаваемых для решения различных природоохранных задач в России, началось в 1989 — 1991 г.г. на основе постановления Совета Министров РСФСР от 18 марта 1988 г. N 93 «О коренной перестройке дела охраны природы в стране». В 1990 г. было разработано и утверждено Временное Типовое положение об образовании и использовании фондов охраны природы, в котором предусматривалось их создание при краевых, областных, окружных, городских исполкомах Советов народных депутатов и Советах Министров АССР в целях финансирования межотраслевых и территориальных мероприятий по охране окружающей среды.
В Положении были определены источники образования экологических фондов, которые в последующем будут закреплены в Законе Российской Федерации «Об охране окружающей природной среды».
Так, указанное Положение предусматривало формирование фондов охраны природы за счет:
платежей предприятий, объединений и организаций за допустимые (лимитируемые) и за превышение допустимых (лимитируемых) выбросов (сбросов, размещение отходов) загрязняющих веществ в природную среду;
штрафных платежей за аварийные выбросы (сбросы) загрязняющих веществ, платежей за сверхнормативное и не комплексное использование (потери) природных ресурсов и получаемого из них сырья;
средств, взыскиваемых в возмещение ущерба, причиненного государству нарушением природоохранительного законодательства в результате хозяйственной деятельности предприятий;
добровольных взносов предприятий, граждан и других источников.
Средства фондов охраны природы предусматривалось использовать на строительство, техническое перевооружение и реконструкцию природоохранных объектов, работы по созданию новых видов природоохранной техники и технологии, мероприятия, предупреждающие и компенсирующие негативные последствия нарушения природоохранительного законодательства и другие цели.
Вышеназванное положение было ориентировано не только на местные ( городские, областные, краевые, окружные) фонды охраны природы, но и регулировало порядок формирования средств союзного Государственного фонда охраны природы. В указанный фонд поступало 5% средств от местных фондов охраны природы и 10% средств от инвалютных поступлений в эти фонды.
Экологический фонд РСФСР общереспубликанского значения был впервые создан при Государственном комитете РСФСР по экологии и природопользованию в соответствии с постановлением Совета Министров РСФСР от 19 октября 1990г. N450. Этим было завершено создание системы источников финансирования экологических программ и других природоохранных мероприятий, включающей в себя бюджетные и внебюджетные структуры. Экологические фонды, как один из элементов этой системы, должны были стать не только органами, аккумулирующими плату за загрязнение, но и средством мобилизации альтернативных финансовых ресурсов в целях проведения целенаправленной инвестиционной природоохранной деятельности и стимулирования